Los delitos de genocidio, terrorismo, lesa humanidad, torturas, asesinatos y detenciones ilegales no fueron los únicos que presuntamente se produjeron durante el genocidio maya perpetrado por el Ejército guatemalteco y las ultraderechistas Patrullas de Autodefensa Civil (PAC) entre 1979 y 1986. El juez de la Audiencia Nacional Santiago Pedraz ha ampliado su investigación a los crímenes de género. El magistrado considera que las 1.465 violaciones, en su inmensa mayoría de mujeres mayas, perpetradas durante ese período, además de otras atrocidades sexuales, tenían como objetivo acabar con ese grupo étnico "no solo a través del exterminio físico sino también del quebrantamiento de su estructura social".
